1951年，成立昆明中医进修班。1953年，改为昆明中医进修学校，1958年，改为云南省中医学校。1960年，升格为云南中医学院。1986年，取得硕士点。2016年，云南省人民政府与国家中医药管理局共建院校。2018年，更名为云南中医药大学，取得博士点。2025年取得推免资格，为省属院校。
现有呈贡和白塔两个校区，拥有1个一级博士点以及10个一级硕士点，下设11个二级学院，开办25个本科专业，有在编教职工870人（不包括附属医院）。2025年，在全国本科招生3000余人，在云南本地本科招生2570人。
国家一流专业：护理学、中医学、中药学、药学
省一流专业：中西医临床医学、针灸推拿学、康复治疗学、傣医学、医学信息工程、制药工程、食品质量与安全、中药资源与开发、公共事业管理
直属附属医院：云南省中医医院（第一附属医院）、云南省血栓病医院（第二附属医院）
非直属附属医院：昆明市中医医院（第三附属医院）、玉溪市中医医院 （第四附属医院）、楚雄州中医医院（第五附属医院）、西双版纳州傣医医院（第六附属医院）、曲靖市中医医院（附属曲靖医院 ）、附属昭通市中医医院（昭通市中医医院）、曲靖市第二人民医院（附属曲靖综合医院）、文山州中医医院（附属文山中医医院）、宣威市中医医院（附属宣威市中医医院）、开远市人民医院（附属开远市人民医院）、红河州第三人民医院（附属红河州第三人民医院）
（照片源自学校官网）
省部级重点实验室：国家中医药管理局中药药理实验室、国家中医药管理局中药药理（免疫）实验室
省重点实验室：云南省傣医药与彝医药重点实验室、云南省中医药学分子生物学重点实验室
学科评估：中医学C-
中外合作：无
是最早开展民族医药人才培养的高校，联合培养了全国第一个傣医学和彝医学博士，民族医学为省重点学科，构建了我国目前唯一傣医学本科、硕士、博士人才培养体系。
提前批安排了公费医学生（傣医学、中医学、中西医临床医学）23人，云南中医药大学算是目前省级中医药大学中最弱的那几个了，除了重庆中医药学院是刚刚独立的，其他的那几个中医药大学基本上都比云南中医药大学强。云南中医药大学的学科评估也是比较弱的，跟河北中医药大学处于同一水平，在国内中医药类院校中位居倒数那几个了。隔壁的广西中医药大学、贵州中医药大学、成都中医药大学，哪一个拿出来都比云南中医药大学要强不少的。不过对于想学中医的孩子来说，云南中医药大学就是一个很适合捡漏的院校了，只不过影响力也只能局限在云南本地了。读中医相关专业的就业还是很好的，云南本地对中医药还是很认可的，行业前景也会比较好，另外傣医学也是国内比较小众的专业，贴合云南本地社会发展。
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