上海海洋大学有3个校区，分别是临港校区、军工路校区和民星路校区。
临港校区地址为上海市浦东新区沪城环路999号，是学校的主校区，占地约1600余亩。作为教学、科研和行政的核心区域，这里聚集了水产与生命学院、食品学院等多个核心学院，不仅有现代化的图文信息中心、体育场馆等设施，还能依托毗邻东海的区位优势，为海洋相关学科提供绝佳的实践条件。
本校区是学校的主校区，建筑风格独特，校园环境优美，有许多值得打卡的景点 。
图文信息中心是校区的标志性建筑，建筑面积3.16万平方米，建筑风格舒展大气，体现了高校的文化气质。
杨咏曼图书馆位于文津广场，外观庄严肃穆，内部藏书丰富，是知识的殿堂，也是拍照的好地方。
体育馆与图书馆相邻，造型独特，活力四射，周边还有操场和篮球场，绿草如茵，充满青春气息。
文心湖湖水碧波荡漾，两岸景色苍翠，湖边风景优美，适合散步和拍照，能让人放松身心。
行政楼建筑风格独特，有钟楼等特色元素，外观典雅大气，是校园里的一道亮丽风景线。
军工路校区位于上海市杨浦区军工路318号。2008年学校主体搬迁后，该校区仅保留部分土地及附属建筑，如今常承担研究生院教学、重点实验室科研等任务，校内的鲸馆等建筑也承载着学校的历史记忆，且毗邻多所高校，学术氛围浓厚。
民星路校区地处上海市杨浦区民星路435号，这个校区面积较小，核心功能是开展继续教育、国际交流以及相关培训项目，是学校完善教育体系、拓展对外合作的重要补充场所。
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